Bestuur (of governance) gaat over de besturing van de organisatie. Hierbij kan gedacht worden aan hoe de organisatie is ingericht en waar de beslissingsbevoegdheid ligt. Welke controlemechanismes zijn er en wie is waarvoor verantwoordelijk? Opereert de organisatie integer, transparant en maatschappelijk verantwoord? In het bijzonder is daarbij interessant de wijze waarop het bestuur plaatsvindt en er bij een jeugdhulpinstelling toezicht wordt gehouden door een Raad van Commissarissen of een Raad van Toezicht. De governance kent een systeemcomponent en een cultuurcomponent. De systeemcomponent gaat over de inrichting en de cultuurcomponent over het gedrag.
Ten aanzien van de governance in de jeugdzorg zijn er verschillende wettelijke grondslagen en enkele meer informele kaders van toepassing, waarvan de Governancecode Zorg 2022 de belangrijkste is.
Naast de governance binnen een jeugdhulpaanbieder, bestaat er een vraagstuk ten aanzien van de besturing van jeugdhulpregio’s en samenwerkingsverbanden (bijvoorbeeld middels Gemeenschappelijke Regelingen), toezicht op het stelsel en toezicht op de rol van regio’s en gemeenten. Het stelseltoezicht is de verantwoordelijkheid van de ministeries van VWS en JenV. Het toezicht op de regio’s en gemeenten behoort gedaan te worden door de gemeenteraden. Provincies hebben een toezichthoudende taak ten aanzien van Gemeenschappelijke Regelingen.